La flûte traversière est très probablement l'instrument le plus ancien du monde. Elle serait apparue en Chine, puis en Occident au Moyen Âge (XIIe siècle). Les premières descriptions de l'instrument ne datent cependant que du XVIe siècle, période à laquelle on l'appellait « flûte d'allemand ». Dans la seconde moitié du XVIIe siècle, Lully introduit la flûte traversière dans l'orchestre d'opéra et à partir du XVIIIe siècle, l'instrument se voit assigner une fonction importante de soliste, en raison de sa sonorité diaphane et de son agilité.
Tout au long des XVIIe siècle et XVIIIe siècle, de plus en plus de clés sont ajoutées, notamment dans le célèbre orchestre de Lully où l'on peut trouver une flûte à une clé, en ré. Durant cette période, nombre de flûtistes travaillèrent à l'amélioration de la flûte. Toutefois, jusqu'au XIXe siècle, elle n'est pas très populaire : elle joue plutôt faux ! En effet, les trous étaient placés là où ils étaient facilement accessibles par le flûtiste, et non pas là où ils rendaient le son le plus juste. En plus, il n'y a pas beaucoup de trous et les doigtés en deviennent très compliqués.
Jacques HotteterrePendant des années, des musiciens ont essayé de remédier à cela, mais les premières transformations majeures apportées à la flûte traversière sont dues à la famille française Hotteterre, durant la première moitié du XVIIIe siècle. Jacques Martin Hotteterre coupe la flûte en 3 morceaux : la tête (avec l'embouchure), le corps (qui comporte la plupart des trous) et la patte (qui conserve quelques trous). La flûte actuelle est encore divisée en trois parties. Sa conception de la flûte, qui ajoute la clef de ré dièse, rend la flûte plus populaire et, dès lors, certains autres instruments suscitent moins d'intérêt, notamment la flûte à bec. Hotteterre modifie également la forme du tube pour donner un meilleur son à la flûte. Il écrit en 1707 le premier livre à propos de flûte traversière : Les Principes de la Flûte Traversière.
Ensuite, la flûte gagne peu à peu en populatrité, et des compositeurs écrivent de plus en plus pour elle, notamment Telemann et Bach.
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Flûte baroqueEn 1720, deux clés supplémentaires sont ajoutées. Quelques années plus tard, un célèbre flûtiste, Quantz, ajoute encore une clef pour le do dièse sur le pied. Durant les quelques décennies suivantes, d'autres clefs sont ajoutées. À cette période, des compositeurs ont écrit pour la flûte, comme Mozart et François Devienne, qui lui ont écrit de célèbres concertos et sonates. Un flûtiste, Meyer, crée un système avec 8 clefs, et d'autres flûtes à 4 et 6 clefs apparaissent dans la musique symphonique de Mozart et Haydn.
Jusqu'au XIXe siècle, la flûte traversière est améliorée : la perce cylindrique fait place à la perce conique, des trous additionnels sont fermés par des clefs et des bouchons et l'on utilise des « corps de rechange » pour jouer dans tous les tons avec les doigtés identiques.
Enfin, au début des années 1800, un flûtiste virtuose allemand, Theobald Boehm (1794 - 1881) de Munich, arrive sur le devant de la scène, et c'est là que la flûte évolue réellement. Dans les années 1830, il repense entièrement la structure de l'instrument. Il rétablit le corps cylindrique de la flûte et applique un ingénieux système mécanique encore utilisé de nos jours : il a cherché la meilleure taille et la meilleure position pour chacun des trous et a dessiné des clés qui ont permis de jouer de la flûte en simplifiant les doigtés. Sa flûte, faite de métal pour obtenir une sonorité plus brillante, a donné la flûte moderne, et son système a rapidement été utilisé partout dans le monde et a même été appliqué à d'autres instruments de la famille des bois, comme la clarinette. Alors que les premières flûtes avaient un simple trou circulaire, on constata qu'un trou ovale produisait une sonorité vibrante. La flûte actuelle est munie d'une plaque d'embouchure qui aide à diriger la colonne d'air.